Durante la década de 1990, los Maximals, Predacons y Terrorcons se unen a la batalla existente en la Tierra entre Autobots y Decepticons.

Una raza alienígena intenta destruir la Tierra. A la humanidad solo le queda una esperanza, que Jake Pendergast, un prometedor piloto del programa de defensa que abandonó su carrera para dedicarse al crimen, acepte el reto de salvar el planeta.

El prólogo de la película reconoce los eventos de Godzilla (película de 1954) (utilizando al monstruo Godzilla de 1954 en lugar de un sucesor de Godzilla), al mismo tiempo que inventa su propia línea de tiempo. Explica que el Destructor de Oxígeno nunca fue utilizado aquí y que la capital de Japón se trasladó de Tokio a Osaka. La película tiene lugar en un universo alternativo con tecnología avanzada, explicando que en 1966, Godzilla ataca la primera planta nuclear japonesa en Tokai, Ibaraki, prefectura de Ibaraki. Después de esto, los G-Graspers, una sección de las Fuerzas de Autodefensa Japonesas, se dedicaron a luchar contra Godzilla. En 1996, la energía de plasma limpia reemplazó a la energía nuclear, pero esto no impidió que Godzilla atacara. La energía de plasma también está prohibida, debido a que Godzilla atacó la energía de fusión de plasma original.

Sarah Connor une todas sus fuerzas con una mujer cyborg para proteger a una joven de un extremadamente poderoso y nuevo Terminator.